Je vais essayer de te répondre sans dire de bétise.
Tu peux déjà penser aux arpèges avant de penser aux gammes, c'est un poil plus simple et c'est infaillible, ça sonne à chaque fois.
Quand tu te retrouve devant un accord majeur, par exemple C, tu peux jouer les notes caractéristiques de cet accord, la tonique, la tierce et la quinte, autrement dit, l'arpège de Do majeur ( Do Mi Sol ).
Si tu tombe sur un C- (ou Cmin), tu joue l'arpège mineur soit Do Mib Sol.
Après à toi de transposer en fonction de l'accord sur lequel tu tombes.
Ensuite, tu peux penser en fonction de la tonalité, dans ce cas tu pourra jouer la gamme qui correspond à ta tonalité sur tous les accords de ton morceau.
Par exemple, un morceau en mi majeur, tu peux jouer la gamme de mi majeur sur tous les accords qui composent le morceau, ça devrait sonner logiquement ... Puis pour étoffer un peu, tu pourras varier en jouant les arpèges correspondant aux accords.
Si tu n'as pas tout saisi, je te conseille d'aller lire les cours de partoch en commençant par celui là :
http://www.partoch.com/cours/cours_guitare,142,Comprendre+et+fabriquer+les+accords.html
Par la suite, jette un coup d'oeil au site de martin qui est très complet
http://www.guitare-improvisation.com/